Наконец нетал вопрос о практике вынесения решений но долам о контрреволюции самими чрезвычайными комиссиями.

Часть работников чрезвычайных комиссии считала, что следует пользоваться теми методами борьбы с контрреволюцией, которые применялись в период красного террора, выступала за внесудебные репрессии в отношении опасных контрреволюционеров. Эти ошибочные взгляды были осуждены Коммунистической партией и нейтральными правительственными: органами.
8 декабре 1918 г. Народный комиссариат юстиции разработал и представал в центральные партийные и советские учреждения общий проект реорганизации чрезвычайных комиссий и революционных трибуналов, вносивший изменения в методы и формы борьбы с контрреволюцией (одним ил авторов проекта был II. В. Крыленко). Согласно проекту, единственным органом, имевшим право выносить решения по долам о контрреволюции, признавался суд — революционный трибунал, а за чрезвычайными
комиссиями сохранялись розыскные и следственные функции. Вместо с тем намечались меры по укреплению революционных трибуналов, которые должны были стать более эффективным, чем раньше, орудием борьбы с контрреволюцией и другими опасными преступлениями. Этот проект был вынесен на обсуждение.
Некоторые советские и партийные работники (например, председатель Московского революционного трибунала А, М. Дьяконов) высказывали крайние, ошибочные взгляды, утверждая, что время деятельности чрезвычайных комиссий в Советской стране будто бы уже прошло и что их следует вообще ликвидировать, а дело борьбы с контрреволюцией возложить на общие судсбио-след-ствеппыс учреждения. Отголоски таких взглядов нашли практическое выражение в том факте, что поело освобождения от немцеи Латвии, Эстонии и Литвы осенью — зимой 1918/19 г. органы Чрезвычайной комиссии здесь пс создавались и борьба с контрреволюцией возлагалась исключительно на следственные комиссии и революционные трибуналы.