28 октября 1918 г. Президиум ВЦИК утвердил выработаппое комиссией «Положение о Всероссийской и местных чрезвычайных комиссиях».

ВЧК в качестве органа Совета Народных Комиссаров признавалась центральным органом, «объединяющим деятельность местных чрезвычайных комиссий» и работающим «в тесном контакте с Народными комиссариатами внутренних дел и юстиции». Председатель ВЧК входил в коллегию Народного комиссариата внутренних дел. В свою очередь комиссариаты внутренних дел и юстиции должны были делегировать своих представителей в ВЧК. Местные чрезвычайные комиссии, согласно «Положению», комплектовались местными Советами или их исполкомами па равных правах с остальными их отделами, причем члены местных ЧК назначались и отзывались исполкомами. Вышестоящим органам ЧК предоставлялось право посылать в нижестоящие органы своих представителей с правом решающего голоса, а также приостанавливать и отменять их постановления.
Рядом законодательных актов Советская власть изменяла и карательную политику. По предложению Совета Народных Комиссаров VI Всероссийский Чрезвычайный съезд Советов 6 ноября 1918 г. объявил амнистию. Постановлением съезда предписывалось освободить из заключения всех лиц, задержанных органами борьбы с контрреволюцией, которым в течение двух педель со дня ареста не предъявлено пли не будет предъявлено обвинение в непосредственном участии в заговоре против Советской власти илп подготовке его, или в организации белогвардейских сил, или в содействии тем партиям и группам, которые явно поставила себе целью вооруженную .борьбу против Советской пласти; освободить из заключения всех заложников, кроме тех из них, временное задержание которых необходимо как условие безопасности товарищей, попавших в руки врагов. Всем революционным трибуналам и народным судам предписывалось в срочном порядке перссмотреть списки осужденных ими лиц и применять, досрочное освобождение в самых широких размерах в отношении тех, чье освобождение не представляет прямой опасности для Республики.