Ашхабадские власти, получив сообщение из Красноводска, тотчас же приступили «к действиям». Они снарядили спопиальпый экстренный поезд, и в Красноводск выехали ответственные представители «областной власти» с отрядом. Уже в ночь ыа 20 сентября прибывшие из Ашхабада отобрали в Красиоводской тюрьме двадцать шесть заключенных и тем же специальным поездом увезли их в направлении Ашхабада. Остальные девять человек—родственники бакинских комиссаров, А. И. Микоян и некоторые другие товарищи — были оставлены в тюрьме. На этом следы бакинских комиссаров терялись.

Бакинские рабочие и большевистские организации, однако, не забывали о своих руководителях и настойчиво разыскивали их. Возвратившиеся в Баку 17 ноября 1918 г. (после освобождения города от турецких войск) английское военное командование и бакинское «правительство» из местных контрреволюционеров заявляли, что комиссары отправлены англичанами в Индию. Б конце 1918 г. в Красноводск ездил делегат, избранный рабочей конференцией, но местный «диктатор» В. Г. Куп заявил и ему, что комиссары увезены англичанами в Индию в качестве заложников.
Между тем распространился слух, что комиссары погибли. Рабочие все настойчивее требовали объяснений. Советское правительство также неоднократно обращалось к английским сластям с требованием сообщить о судьбе задержанных па оккупированной ими территории представителей Советского правительства. Но англичане не отвечали.
В конце февраля 1919 г. бакинские рабочие добились освобождения содержавшихся в Красповодской тюрьме арестованных, которые в начале марта приехали в Баку, Они-то и рассказали, что 26 бакинских комиссаров расстреляны. Это сообщение вызвало йзьрю погодования у бакинского пролетариата.
Судьбой бакинских комиссаров помимо других заинтересовался и опытный горист, бывший член Учредительного собрания, в прошлом член ЦК партии эсеров В, Чайкип, приехавший в Баку. Он хотел выяснить обстоятельства этого загадочного дела, убедиться, действительно ли эсеры участвовали в гцусном преступлении, разоблачить конкретных виновников и смыть таким путем пятно позора, чернившее всю эсеровскую картшо, 21 февраля 1919 г.