Все левозсеровские делегаты Всероссийского съезда Советов во главе с М. А. Спиридоновой были изолированы. Рано утром 7 июля начались поенные действия против мятежников. После того как советские войска обстреляли здание, которое занимал отряд Попо-ьа, мятежники, стали разбегаться и сдаваться в плен. Захваченные левыми эсерами заложники были освобождены самими караульными.

В официальном правительственном сообщении говорилось. «Ликвидация мятежа была вполне достойна первоначального замысла и всего хода этой постыдной авантюры... Поставя перед собой такую цель, как захват государственной власти, вожди левых эсеров, по-видимому, совершенно не оценивали размеров и значения этой совершенно непосильной для инх задачи. Мятежники после ничтожных попыток сопротивления начали посылать в разных направлениях парламентеров, а затем перешли к беспорядочному отступлению'). К днум часам дня мятеж был подавлен.
При ликвидации мятежа были задержаны один из организаторов убийства Мирбаха, бывший заместитель председателя ВЧК В. Л, Александрович, а также 12 человек из отряда Попова, участвовавших в аресте сотрудников ВЧК п в военных действиях. По решению ВЧК их расстреляли. Задержанные при ликвидации мятежа рядовые участники выступления были освобождены. ВЧК объявила: «Поело провокационного убийства 6 июля германского посла графа Мирбаха отряд Попона, состоящий боевым отрядом при ВЧК, вооружившись с ног до головы, предательски выступил против той же Комиссии, против Советской власти. Главным организатором зтого выступления, как и убийства графа Мирбаха, был В. А. Александрович, бывший товарищ председателя ВЧК. Воспользовавшись сиоы.и положением, оп ввел в Комиссию убийц Мирбаха — Клюмкина и Андреева. Оп же приложил печать к подложному удостонерению, с помощью которого убийцы добились приема у графа Мирбаха. Кроме того, им были захвачены из Комиссии 544 тыс. рублен и переданы ЦК партии левых- эсеров. Решившись на выступление. Александрович заблаговременно подготовил пути отступления для отряда и принял самое деятельное участие в восстании. Им был отдай приказ арестовать Лациса, До-бола, Петерса, Впзнера и других членов и сотрудников Комиссии. Он же послал отряд для захвата всей Комиссии и ее помещения.