Его функции пресечения и ликвидации «контрреволюционных и саботажнических попыток перешли теперь, на основании постановления СНК от 7 декабря, к Всероссийской чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией и саботажем — первому специальному советскому органу государственной безопасности. В отличие от Военно-революционного комитета, действовавшего главным образом военными мерами подавления, ВЧК должна была осуществлять оперативный розыск лиц, виновных в контрреволюционных преступлениях, произнодить дознания но их делам, передавать дела суду через следственную комиссию революционного трибунала, а также применять к виновным указанные в законе административные меры.

Одним из первых тагов в деятельности ВЧК было задержание 18 декабря нескольких членов «Союза защиты Учредительного собрания» {И. Г. Церетели, В. М. Чернова, Ф. И. Дана, Л. М. Брамсона, А. Р. Года и других —всего 12 человек). Это задержание было произведено членом коллегии ВЧК С. Е. Щукиным по ордеру, подписанному Ф. Э. Дзержинским и И. К. Ксепофонтовым. Левые эсеры, которые входили тогда в состав Сонета Народных Комиссаров, возражали против этой меры, а их представители в
правительстве — нарком юстиции И. 3. Штейнберг и член коллегии Парко шоста В. А. Карелин, используя снос служебное положение, освободили задержанных. Возник конфликт, разбиравшийся 18 декабря на заседании Совета Народных Комиссаров. Правительство признало действия Штейнберга и Каролина неправильными, указав, что «какие бы то ни было изменения постановления комиссии Дзержинского, как и других комиссий, назначенных Советами, допустимы только путем обжалования этих постановлений в Совет Народных Комиссаров», Совнарком отметил, что задержание членов «Союза защиты Учредительного собрания» было произведено по его указанию «для выяснения личностей» , то есть не в судебном, а в административном порядке. Этот акт не повлек за собой никакого дознания, следствия или судебного процесса. После этого инцидента Штейпбсрг разработал и представил в СНК проект положения о ВЧК, в котором попытался свести к минимуму полномочия, а следовательно, и эффективность работы Чрезвычайной комиссии. Но В. И. Ленин внес поправки почти в каждую статью проекта.